La elección de Cecilia Blondet como Directora General del IEP significó un hito en el desarrollo de la institución. Fue la primera mujer elegida por la Asamblea de Asociados para este cargo y permaneció por tres períodos, entre 1995 y 2000. Bajo su liderazgo el IEP llevó a cabo una reorganización y modernización administrativa para ordenar las cuentas y poder hacer proyecciones de gastos e ingresos. La gestión de Blondet significó también una mayor presencia de las mujeres en el Consejo Directivo, en la dirección de los proyectos de investigación y en las actividades de incidencia del IEP. Correspondió a su gestión encarar los cambios que se venían produciendo en las relaciones con las agencias de cooperación, así como con el crecimiento de los proyectos, de los investigadores y la complejidad de las actividades que fue asumiendo el IEP.