En marzo y abril se produjeron los principales desastres naturales del fenómeno El Niño, particularmente en la costa. En este caso se sabía desde el año anterior que vendría El Niño, aunque no en la forma y las fechas exactas. El gobierno aplicó una política de prevención en las zonas que habían sido afectadas en 1983. Sin embargo, El Niño de 1998 se manifestó con algunas variantes. Por ejemplo, si bien se concentró en la costa norte, esta vez Ica fue escenario de inundaciones de carreteras, campos de cultivo y de las zonas bajas de la ciudad. En Piura y Lambayeque la infraestructura vial y los puentes fueron interrumpidos por el desborde de los ríos que también echó a perder numerosas cosechas; en el mar de Chimbote desapareció la anchoveta afectando a los pescadores artesanales. Las pérdidas fueron calculadas en 3,498 millones de dólares.